قال الإمام أحمد ولد باب أحمد إن وزارة الشؤون الإسلامية تعاني بيروقراطية شديدة حيث إن الأمور مرتبطة بشخص الوزير، وطالب الإمام باعتماد معايير واضحة في اختيار العلماء الذين يستحقون عضوية هيئة العلماء، ومعايير في اختيار المحاظر النموذجية واختيار الاكتتابات والعقود المفتوحة التي تجريها الوزارة، وقال الإمام أحمد ولد باب أحمد إن وزارة الشؤون ال‘سلامية لديها تعاون مع منظمة "وورد فيزيون" التنصيرية، فلو أخلظ شخص لها القول لاعتبرها داعمة للتنصير بحكم هذا التعاون مع هذه المنظمة التنصيرية.
وهذا النص التصريح الذي أدلى به الإمام أحمد ولد باب أحمد إمام جامع قباء في تفرغ زينه وصاحب مشروع موسوعة رجال السنة ومشاريع علمية أخرى لموقع الفكر:
في البداية أشكر موقع الفكر على إتاحة الفرصة، وأستحدث عن بعض النقاط التي تتعلق بوزارة الشؤون الإسلامية وأنوب عن مجموعة الأعيان، والأئمة السابقين وأنوب عن كل إمام يقبل ما سأقوله، وأحب أن أركز على مسألة "البيروقراطية" الشديدة حيث إن الأمور مرتبطة بشخص الوزير الكريم وإن كان الوزير ليس أسوأ من تولى الوزارة، وليس معنى ذلك أنه ليست لناعليه ملاحظات، بل لدينا ملاحظات جوهرية، ولكننا نحترمه ونعتبره من العلماء وليست لدى الوزارة معايير واضحة في اختيار العلماء، هل الاختيار على أساس كثرة المؤلفات أو المحاضرات، ويجب أن تكون هناك معايير لاختيار العالم فهنالك بعض العلماء ممن لديهم خمس مائة محاضرة وبعض المؤلفات وليس عضوا في هيئة العلماء، وبعض من الناس ممن ليس لديه نشاط مسجل في هيئة العلماء دون نشاطات تذكر، ولا أحب أن يصنف هذا الكلام على أنه ضد هيئة العلماء وكذلك الحال يجب أن تكون هنالك معايير لاختيار المحاظر النموذجية واختيار الاكتتابات والعقود المفتوحة التي تجريها الوزارة وهنالك جانب وإن كان لا يعنيننا بصفة مباشرة وهو جانب الفساد إلا أنه يعنيننا بوصفنا من أهل القطاع وبصفتنا مواطنين ولن نركز على هذا الموضوع وإن كان بعض المسؤولين قد صرح عن إعطاء بعض الأموال لهيئات إعلامية ولا أحب التركيز على هذا الموضوع ما لم أجبر عليه ولكن أحب التركيز على المعايير التي يختار على أساسها العلماء والمكاتب التي تمثل الأئمة وترفع الوزارة يدها عن الجهات التي تتولى الوصاية عليها، وينبغي أن تنشأ لجنة مكلفة باختيار العلماء من أهل العلم الذين بدورهم يختاروا لجنة كبار العلماء، وأن تكون لها قدسية ودور حقيقي، وألا يكون لأحد عليها سلطة وكذلك الاهتمام بأهل العلم والمؤلفات، فعلى سبيل المثال أنا منذ عشرين سنة وأنا أؤلف موسوعة رجال السنة، وإن لم أختصر فستبلغ أجزاؤها 102 جزء وتضم أكثر من عشرين ألف ترجمة، وقد بدأتها عندما كنت في الخليج ولما جئت إلى موريتانيا ولم أجد تعاونا من وزارة الشؤون الإسلامية، مع أني سبق لي أن كلمت مدير المساجد وأمرني أن أقدم له تصورا عنها كما أني كلمت وزارة الثقافة ولم تهتم هي الأخرى بالموضوع، ومع أن هذه الموسوعة لم ينجز مثلها في التاريخ الإسلامي لأنها اهتمت على سبيل المثال بشيوخ الإمام البخاري من حيث كثرة الرواية، ولست أشكو حالي وإنما أتكلم بصورة عامة عن نوع من الشفافية وإتاحة الفرصة والعناية بأهل العلم، وأداء الوزارة رسالتها خصوصا أن الوزير قال إن الرئيس قال له إنه إذا أمره بما يخالف الشريعة فلا يفعله، فالسيد الوزير أقمتم الحجة على أنفسكم ومن كان شديد القول يمكن أن يقول إن الوزارة تدعم التنصير وإن كانت هذه العبارة شديدة، ولكنها منذ فترة لديها تعاون مع منظمة "وورد فيزيون" التنصيرية، وإن كنا نشكر الرئيس على رفعها إلى مستوى وزارات السيادة، ونحب أن ترجع كما كانت إلى وزارة العدل وترفع السلطة يدها عنها، لأنها جلبت لهذا البلد كل الخير فليس لدينا ما نفتخر به غير علمائنا، كما يجب أن يشارك العلماء والأئمة في الحوار المرتقب.